Durch die Folgen der Industrialisierung verschob sich die Produktion der Arzneimittel im 19. Jahrhundert immer mehr in die Fabrik. Statt handwerklichem Beruf war die Pharmazie vermehrt zu einer wissenschaftlichen Disziplin geworden. Dies war mitunter einer der Gründe, warum der Apotheker Josef Anton Häfliger im Laufe der 1920er damit anfing, eine Sammlung historisch-pharmazeutischer Gegenstände anzulegen. Damit schuf er das Fundament für das heutige Museum.
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